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南京医科大学的口腔研究生更好就业。

原因：

1.南京医科大学，简称南医大，学校坐落于六朝古都的中国历史文化名城南京，是江苏省属重点建设高校，省部共建高校，教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。南京医科大学的口腔医学实力比较强，在教育部官方学科评估排名第六。

2.南京大学是教育部与江苏省共建的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、世界大学联盟、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟的重要成员和东亚研究型大学协会高校。南京大学的前身是师范学堂，侧重师范类专业。

3.南京医科大学的口腔学研究生实力强于南京大学，所以说南京医科大学口腔研究生比南京大学的口腔研究生更好就业。