印尼独立之初，特别是 1954 年之后，印尼政府和民间的排华情绪甚嚣尘上。政府在入籍政策上设置各种障碍，认为华侨即使入籍也不愿效忠。政治上强制同化，要求华人改名换姓，强化宗教归化。经济上，企图凭借政治优势摧毁非原住民经济，华侨经济被定性为 " 殖民主义残余 "，1960 年代前后出现驱赶华商的浪潮。印尼政府不断化 " 原住民 " 与 " 非原住民 " 的关系，一旦社会动荡，华人随时都可能被推出来当替罪羊。
1965 年 9 月，翁东发动政变失败，苏哈托趁势而起架空了总统苏加诺，开始了 31 年的独裁统治。苏哈托政府称参与了翁东政变，大肆肃清围巾人，屠杀印尼华人。美国学者本尼迪克特 · 安德森研究这次政变后，指出翁东的政变跟围巾根本没有关系，这篇论文惹恼了苏哈托政府，安德森本人长达 27 年被印尼当局禁止入境。1998 年 5 月，印尼再次发生大骚乱，1200 多人丧生，其中大部分是华人，被强的华人妇女总数多达 300 人。据印尼全国人权委员会和印尼人权志愿者组织的调查，从一开始，排华行动就是有组织有预谋的，愈来愈多证据显示，大部分针对华人的袭击，都由有组织的团体煽动。
