1.管理范围、组织机构不同：中国总会计师协会是财政部所属的跨地区、跨部门、跨行业的全国非营利一级社团组织。中国注册会计师协会是依据《中华人民共和国注册会计师法》和《社会团体登记管理条例》的有关规定设立的社会团体法人，是中国注册会计 师行业的自律管理组织；

2.主要职责不同：中国总会计师协会主要职责是组织开展总会计师、履行总会计师职责的会计师及高级财会人员的岗位培训和继续教育，接受财政部和有关部门授权和委托，组织开展有关工作等。中国注册会计师协会主要职责是拟订注册会计师执业准则、规则，督、检查实施情况，制定行业自律管理规范，对会员违反相关法律法规和行业管理规范的行为予以惩戒，组织实施注册会计师全国统一考试等。